キリシタンは、日本の戦国時代から江戸時代、更には明治の初めごろまで使われていた言葉（口語）である。
もともとはポルトガル語で「キリスト教徒」という意味であり、英語では「クリスチャン」（Christian）となる。元来はキリスト教徒全般を指すが、実際に使われるこの語は、戦国期以後日本に伝来したキリスト教（カトリック）の信者・伝道者またその働きについてである。たとえば、貿易に関わったオランダ人は、キリスト教徒であれ、キリシタンとは捉えられていない。
漢字では吉利支丹などと書く。江戸時代以降は禁教令等による弾圧に伴い侮蔑を込めて切死丹、鬼理死丹という当て字も使われるようになった。なお、5代将軍徳川綱吉の名に含まれる吉の字をはばかって、綱吉治世以降は吉利支丹という字は公には使われなくなり、切支丹という表記が一般となった。
現在では、「キリシタン」という言葉は「キリシタン大名」や「隠れキリシタン」などの歴史的な用語として使う場合がほとんどであり、現代のキリスト教徒のことを指す場合は英語読みの「クリスチャン」を用いることが一般的である。また、カトリック・プロテスタントを問わず日本のキリスト教徒が「キリシタン」と自称することもほとんどない。特に長崎県などでは、かつての禁教・迫害などのつらい歴史を連想させるためか、この呼称を嫌うカトリック信徒も少なくない。
隠れキリシタン（かくれキリシタン）は、日本の江戸時代に江戸幕府による禁教令の後、
上記両者を特に区別せず指す俗称である。
禁教の時代において潜伏したカトリックの信徒達は、観音像を聖母マリアに見立てたり（今日、それらの観音像は「マリア観音」と呼ばれる）、キリシタン灯篭を建立したり、「納戸神」を祀るなどして、表向きは仏教徒として振舞いながら、秘密組織を作ってひそかに祈祷文「オラショ」を唱えていた。また、メダイやロザリオ、聖像聖画、クルス（十字架）などの聖具を秘蔵し、生まれた子に洗礼を授けるなどして信仰を守った（これらの信仰の形式は地方によって異なる）。
幕末の開国後の1864年（元治元年）、長崎の大浦天主堂を浦上（現・長崎市浦上）在住の信者が訪ねてきたこと（「信徒発見」と呼ばれる）から、潜伏キリシタンの存在が国内外で知られるようになった。その後、浦上の他にも長崎県の外海や五島などでも信仰を表明する者が多数あらわれた。しかしキリスト教はいまだ禁教であったため、信仰を表明した信者は投獄や拷問によって棄教を迫られ、あるいは全国に配流されるなどの大規模な弾圧にあった（浦上四番崩れ・ 五島崩れ）。明治政府によるキリスト教弾圧は諸外国の非難・批判を招くことになり、いわゆる『外圧』によって、江戸幕府以来の『キリシタン禁教令』が解か れることとなる。それ以降はキリスト教信者ということだけで重罪に処されることが無くなり、一部を除く潜伏キリシタンが堂々とキリスト教信仰を表明し、再 宣教のために来日したパリ外国宣教会などによって、祖先の信じたカトリック教会の信仰に復帰することとなった。また、一部の地域では「隠れキリシタン」という独自に進化した民間信仰として伝わっている。現在では日本国憲法により『信教の自由』が保証されているため、定義上潜伏キリシタンは現存しない。
江戸時代潜伏していたキリシタン達の中には、200年以上もの間司祭などの専門家の導きを受けることなく自分達だけで信仰を伝えていったため、長い年月の中で教義などの信仰理解が失われていき、仏教や神道な どとも結びついて元々のキリスト教から大きく変化して、あるいは地元の殉教者に対する尊崇を精神的な拠り所としつつ、キリシタン信仰当時の聖具からなる御 神体や、殉教者が没した聖地などを主要な信仰対象とする独特の日本的な俗信のように化した者たちもいた。このため、明治時代以降にキリスト教の信仰が解禁 されて再びカトリックの布教がなされても、これを受け入れずに復帰せず、今なお独自の信仰様式を継承している者達が、長崎県の一部地域に現在でも存在する。これを学術的に「カクレキリシタン」（すべてカナ表記）もしくは「離れキリシタン」と呼ぶ。
近年、過疎や高齢化によって「カクレキリシタン」の数は次第に減少している（1981年:推定3万人）。最近まで伝承が継続されている地域として、長崎県の長崎市外海地区（旧西彼杵郡外海町）や五島列島、さらに平戸市の平戸島や生月島などの地域が挙げられる。五島列島の奈留島（五島市奈留町）の火葬場の裏には現在も聖母マリアの姿をした墓がいくつも置かれている。生月島ではいまもカクレの組織が残っており、独自の信仰行事が伝承されている。
また、長崎市外海地区には隠れキリシタンの「神社」枯松神社があり、「サン・ジワンさま」を祀っている。外海地区の元潜伏キリシタンは、カトリックに復帰した者、隠れキリシタンをかくまった天福寺（仏教曹洞宗）の檀家に留まった者、カクレキリシタンとしての信仰を維持している三者に分かれ、互いにわだかまりが残っていた。1998年にこの地のカトリック黒崎教会に赴任した野下千年神父はこれを憂慮し、三者のわだかまりを解消する場として枯松神社祭の実施を提案。2000年に三者の協力による「枯松神社祭」が行われ、現在も毎年行われている。
なお、カクレキリシタンが未だカトリックに復帰しない理由については、信仰がキリスト教とかけ離れたというよりも、キリスト教徒ですらなくなってし まったという場合もみられる。元来はカムフラージュであった仏教や神道の思想が本当の信仰になってしまい、キリスト教の信仰が完全に廃れてしまい、ただキ リスト教起源の行事だけを、単なる「地域独特の伝統」として継承しているに過ぎないというものである。あるいは、カトリックに復帰することは自分たちの 父・祖父などから代々受け継いだ「カクレ」の信仰を否定することになるという葛藤もあるから、ともいわれる。
一部の隠れキリシタンの神話では、アダムとイヴが禁断の果実を食べた後神に赦しを請うと神はこれを聞き届けてしまう、というものがある。旧約聖書の嫉妬深く過酷な神とは明らかに異質なものとなっており、キリスト教の中核ともいうべき原罪の観念が消滅するに至っているようだ。